Zum Schutz vor Erkrankungen empfiehlt das Auswärtige Amt allen Panama-Reisenden Impfungen gegen Hepatitis A, Tetanus und Diphtherie sowie im Falle eines längeren Urlaubs oder eines geplanten Aufenthalts in touristisch weniger erschlossenen
ländlichen Regionen ergänzend den vorbeugenden Schutz gegen Typhus, Tollwut und Hepatitis B. Zu den häufigsten Reisekrankheiten, welche bei einem Urlaub in Panama auftreten, gehören die beiden durch Mücken übertragbaren Erkrankungen Malaria und Dengue-Fieber. Während die Malariamücke nachtaktiv ist, handelt es sich bei der das Dengue-Fieber übertragenden Mückenart um ein tagaktives Insekt, so dass ein ausreichender Mückenschutz sowohl am Tag als auch während der Nacht erforderlich ist. Das Risiko einer Malaria-Erkrankung ist besonders in ländlichen Regionen an der Karibik-Küste in Panama vorhanden. Des Weiteren tritt die Malaria im Grenzgebiet zu Kolumbien auf, welches auf Grund der prekären Sicherheitslage allerdings ohnehin nicht besucht werden sollte. Das Dengue-Fieber ist hingegen in allen Regionen Panamas verbreitet.
Als weitere zu beachtende Infektionskrankheiten für Panama nennt das Auswärtige Amt Leishmaniasis, Chagas-Krankheit und Leptospirose.
Die Chagas-Krankheit wird durch Raubwanzen übertragen. Ein Infektionsrisiko besteht, wenn die Stallungen der Tiere sich zu nahe an den menschlichen Unterkünften befinden, so dass innerhalb städtischer Gebiete kein Risiko besteht. Ohne Behandlung geht die Krankheit nach einiger Zeit in einen chronischen Zustand über, welcher in erster Linie durch eine Herzvergrößerung und regelmäßiges Herzrasen gekennzeichnet ist. Bei Kleinkindern verläuft die Chagas-Krankheit oft tödlich.
Die Leishmaniasis wird überwiegend durch Sandmücken von Haustieren auf Menschen übertragen, wobei sich Hunde als die häufigsten Zwischenwirte für den Erreger erweisen. Die Krankheit kann sowohl die Haut als auch innere Organe befallen und wird auf Grund ihrer sehr unspezifischen Symptome oft nicht rechtzeitig erkannt. Die bislang bekannten Medikamente können keine vollständige Heilung bewirken. Sie unterstützen vornehmlich das Immunsystem, welches mittels dieser Stärkung die Leishmaniasis erfolgreich bekämpfen kann. Der Begriff Leishmaniose ist lediglich eine andere Bezeichnung der Krankheit.
Die Leptospirose wird durch den Urin erkrankter Säugetiere auf den Menschen übertragen und erscheint in sehr unterschiedlichen Verlaufsformen. Kennzeichnend für alle Unterarten der Erkrankung sind grippeähnliche Symptome sowie eine Bindehautentzündung. Bei einigen Arten kann Leber- oder Nierenversagen eintreten, diese sind extrem gefährlich und können tödlich verlaufen. Die meisten Erkrankungen an der Leptospirose klingen nach etwa einem Monat ab. Innerhalb der ersten fünf Tage nach der Ansteckung erweist sich eine Behandlung mit Penicillin als erfolgreich, danach können nur noch die Symptome bis zum Abklingen der Erkrankung behandelt werden. Da die Erreger der Leptospirose bevorzugt über die Haut eindringen, sollten bei einem Urlaub in Panama auch kleinere Hautschäden mit einem Pflaster bedeckt werden.
Durchfallerkrankungen einschließlich der gefährlichen Cholera treten in Panama weiterhin auf. Als Schutz gegen Durchfall ist außerhalb von Panama-Stadt und eventuell der touristischen Zentren der Verzicht auf Leitungswasser ebenso wie auf rohes Gemüse zu empfehlen. Des Weiteren sollten Fliegen zielstrebig von Lebensmitteln verscheucht werden.
Das Infektionsrisiko mit AIDS ist in Panama relativ hoch, wobei die Übertragung nahezu ausschließlich durch den Geschlechtsverkehr oder bei der Benutzung nicht gereinigter Spritzen erfolgt. Wer auf Sex mit kaum bekannten Personen während des Panama-Urlaubs nicht verzichten kann, kann sich durch die Verwendung eines Kondoms schützen.
Das Gesundheitswesen in Panama weist grundsätzlich eine gute Qualität auf, allerdings besteht auf dem Land ein Ärztemangel. Die Versorgung mit Krankenhausbetten ist bislang nur in Panama-Stadt ausreichend. Die Bezahlung ärztlicher Leistungen muss in der Regel mit Bargeld erfolgen, eine private Auslandskrankenversicherung erstattet die Beträge nach der Rückkehr.